Cikal bakal terbentuknya Badan Penerbit IDAI dimulai pada tahun 1960, dengan hadirnya Berita Anak sebagai majalah pertama yang terbit di kalangan anggota IDAI dengan redaktur Prof. Te Bek Siang dibantu dr. Samsudin. Majalah ini pernah terbit 3 kali. Seiring dengan perjalanannya pada tahun 1961, jurnal ilmu kesehatan anak, Paediatrica Indonesiana, diterbitkan 6 kali dalam setahun hingga saat ini, dengan pimpinan redaksi Prof. Sutedjo (1961-1975).
Pada KONIKA III (kongres nasional ilmu kesehatan anak) tahun 1974 di Surabaya, terbentuk Majelis Majalah yang membawahi penerbitan di dalam IDAI. Terdapat 3 majalah yang diterbitkan yaitu, Paediatrica Indonesiana (1974), Sari Pediatri (1994), Buletin IDAI (1998). Pada KONIKA VIII tahun 1990, Majelis Majalah diubah menjadi Badan Penerbit IDAI. Setelah melalui pasang surut penerbitan majalah, pada tahun 2002 sampai sekarang Pediatrica Indonesiana terbit secara rutin dan telah terindex SCOPUS.
Tahun 2014-2020 Badan Penerbit IDAI telah menerbitkan Buku Ajar dari 14 unit kerja koordinasi (UKK), 9 buku untuk dokter, dan 15 buku untuk konsumsi masyarakat awam sebagai bentuk penyebaran informasi ilmiah kepada tenaga medis maupun masyarakat awam untuk mencapai perbaikan pelayanan kesehatan anak.